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05方向导师-中科院版纳热带植物园

郁文彬研究员

姓名：郁文彬

导师资格：农艺与种业

Email: yuwenbin@xtbg.ac.cn

地址：云南省勐腊县勐仑镇植物园科研中心

个人简介

郁文彬博士，现任中国科学院西双版纳热带植物园研究员、研究组组长、博导，主要从事植物系统发育与演化、DNA条形码、群体遗传学等研究。现聘为云南省植物学会理事；入选中科院西部青年人才、云南省万人计划青年拔尖人才；主持国家基金委、云南省科技厅等项目10余项；已在Genome Biology、PNAS等国际期刊发表论文80余篇，在本领域有一定国际影响力。合作开发了一套细胞器基因组组装利器——GetOrganelle软件包，被同行评为“星级”最高的叶绿体基因组组装软件包；最早利用谱系流行病学的方法推断新冠病毒在2019年12月前存在社区传播，华南海鲜市场不是病毒发源地。

教育背景

2008.09-2011.06，中国科学院昆明植物研究所，博士研究生

2004.09-2007.07，中国科学院昆明植物研究所，硕士研究生

2002.09-2003.07，南昌大学，经济与管理学院，辅修

2000.09-2004.07，南昌大学，生命科学与食品工程学院，大学本科

工作经历

2021.01—至今：中国科学院西双版纳热带植物园，研究员/研究组组长

2014.08-2020.12：中国科学院西双版纳热带植物园，副研究员

2015.09-2018.07：美国宾夕法尼亚州立大学，生物系，访问学者/博士后

2013.01-2014.07：中国科学院昆明植物研究所，助理研究员

2011.11-2012.12：美国芝加哥菲尔德自然历史博物馆，博士后

2011.07-2011.11：中国科学院昆明植物研究所，助理研究员

2007.07-2008.08：中国科学院昆明植物研究所，研究实习员.

研究方向

1) 植物细胞器基因组的多样性和演化，特别关注寄生植物和食虫植物等。

2) 列当科植物（含传统玄参科半寄生植物类群、以及钟萼草属和地黄属等类群）系统发育和演化生物学研究，尤其是寄生习性的形成和演化机制的研究。

3) 喜马拉雅-横断山地区马先蒿属植物花部形态多样化的形成与演化，及其适应演化机制的研究。

4) 植物DNA条形码技术应用于物种鉴定、新物种发现、群落系统发育分析等。

5) 濒危保护植物的遗传多样性评估，及其在就地和迁地保护中的应用。

代表论文和著作

1) Jiang N., Dong, L.-N., Yang J.-B., Tan, Y.-H. Wang H, Randle C.P., Li, D.-Z.*, Yu, W.-B.* Herbarium phylogenomics: Resolving the generic status of the enigmatic Pseudobartsia (Orobanchaceae). Journal of Systematics and Evolution, 60: 1218-1228. 10.1111/jse.12829, 2022.

2) Liu C., Hu X.-J., Zhang J.-P., Yu W.-B.*, Tan Y.-H.* Two new species of Pentasacme (Apocynaceae, Asclepiadoideae) from Yunnan, China. Taiwania, 67: 326-334, 2022.

3) Liu R., Wang H., Yang J.-B., Corlett R.T., Randle C.P., Li D.-Z., Yu W.-B.* Cryptic species diversification of the Pedicularis siphonantha complex (Orobanchaceae) in the Mountains of Southwest China since the Pliocene. Frontiers in Plant Science, 13: 811206, 2022.

4) Li H.-T., Luo Y., Gan L., Ma P.-F., Gao L.-M., Yang J.-B., Cai J., Gitzendanner M.A., Fritsch P.W., Zhang T., Jin J.-J., Zeng C.-X., Wang H., Yu W.-B., Zhang R., van der Bank M., Olmstead R.G., Hollingsworth P.M., Chase M.W., Soltis D.E., Soltis P.S., Yi T.-S., Li D.-Z. Plastid phylogenomic insights into relationships of all flowering plant families. BMC Biology, 19, 232, 2021.

5) Li X., Yang J.-B., Wang H., Song Y., Corlett R.T., Yao X., Li D.-Z., Yu W.-B.* Plastid NDH pseudogenization and gene loss in a recently derived lineage from the largest hemiparasitic plant genus Pedicularis (Orobanchaceae). Plant and Cell Physiology, 62: 971-984, 2021.

6) Wang G., Zhang X., Herre E.A., McKey D., Machado C.A., Yu W.-B., Cannon C.H., Arnold M.L., Pereira R.A.S., Ming R., Liu Y.F., Wang Y., Ma D., Chen J. Genomic evidence of prevalent hybridization throughout the evolutionary history of the fig-wasp pollination mutualism. Nature Communications, 12: 718, 2021.

7) Ya J.-D., Lin D.-L., Han Z.-D., Cai L., Zhang Z.-R., He D.-M., Jin X.-H.*, Yu W.-B.* 2021. Three new species of Liparis s.l. (Orchidaceae: Malaxideae) from Southwest China based on morphological characters and phylogenetic evidence. Plant Diversity, 43: 401-408, 2021.

8) Li X., Lin C.Y., Yang J.-B., Yu W.-B.* 2020. De novo assembling a complete mitochondrial genome of Pedicularis rex (Orobanchaceae) using GetOrganelle toolkit. Mitochondrial DNA Part B, 5: 1056-1057, 2020.

9) Jin J.J.#, Yu W.-B.#, Yang J.-B., Song Y., dePamphilis C.W., Yi T.-S.*, Li D.-Z.* GetOrganelle: a fast and versatile toolkit for accurate de novo assembly of organelle genomes. Genome Biology, 21: 241, 2020.

10) Song Y.#, Yu W.-B.#, Tan Y.-H.#, Jin J., Wang B., Yang J.-B., Liu B., Corlett R.T. Plastid phylogenomics improve phylogenetic resolution in the Lauraceae. Journal of Systematics and Evolution, 58: 42-49, 2020.

11) Yu W.-B.*, Tang G.-D., Zhang L., Corlett R.T. Decoding the evolution and transmissions of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2/HCoV-19) using whole genomic data. Zoological Research, 41: 247-257, 2020.

12) Li X., Wang H., Li D-Z, Yu W-B.* Taxonomic and nomenclatural notes on Pedicularis (Orobanchaceae): I. One new species from northwest Yunnan, China. PhytoKeys, 130: 205-215, 2019.

13) Tang, G.-D., Liu, J.-F., Wang, L., Zhu, C.-M. Zhu, Liu, L.-H., Randle, C. P.*, Yu W.-B.* Molecular and morphological analyses support the transfer of Gleadovia kwangtungensis to Christisonia (Orobanchaceae). Systematic Botany, 44: 74-82, 2019.

14) Yang Z., Wafula E.K., Kim G., Shahid S., McNeal J.R., Ralph P.E., Timilsena P.R., Yu W.-B., Kelly E.A., Zhang H., Person T.N., Altman N.S., Axtell M.J., Westwood J.H., dePamphilis C.W. Convergent horizontal gene transfer and cross-talk of mobile nucleic acids in parasitic plants. Nature Plants, 5: 991-1001, 2019.

15) 黎若竹, 蔡杰, 杨俊波, 张志荣, 李德铢, 郁文彬*. 利用叶绿体基因组数据解析锦葵科梧桐亚科的系统位置和属间关系. 广西植物, 42: 25-38, 2022.

16) 林红强, 程跃红, 刘荣, 尹民, 郁文彬. 四川卧龙国家级自然保护区马先蒿属一新种——熊猫马先蒿. 广西植物, 41: 1949-1954, 2021.